In opdracht van de Rijkswaterstaat schreef hij het advies Waterlandschappen, de cultuurhistorie van de toekomst als opgave voor het waterbeheer (2002) in het kader van de Waterverkenningen.

Willem van der Ham werd gevraagd een historische verkenning te maken in relatie tot het waterbeheer, op basis waarvan waterbeheerders zo goed mogelijk konden inspelen op cultuurhistorische waarden. De nota Waterverkennningen is een pleidooi om bij de toekomstige inrichting van het land meer rekening te houden met de cultuurhistorie en de daaraan verbonden landschappelijke kenmerken.

Hij toont daarin de waarde aan van het landschap als historische bron die veel houvast biedt en hoe het landschap sporen, objecten en herinneringen herbergt van esthetisch, emotionele en natuurlijke aard. Hij geeft een schets van de waardering van het Nederlandse landschap door de eeuwen heen. De internationale waarde en betekenis van specifiek Nederlandse landschappen wordt in Nederland nog zelf te weinig erkend.